水生態(tài)修復的重要任務之一是恢復水生態(tài)系統(tǒng)的完整性。這就意味著水生態(tài)修復應該是河湖生態(tài)系統(tǒng)的整體修復，修復任務應該是包括水文、水質(zhì)、地貌和生物在內(nèi)的改善。恢復水生態(tài)系統(tǒng)的完整性，其核心是恢復五大水生態(tài)要素的自然特征，即水文情勢時空變異性，河湖地貌形態(tài)空間異質(zhì)性，河湖水系三維連通性，適宜生物生存的水體物理化學特性范圍，及食物網(wǎng)結(jié)構(gòu)和生物多樣性。
完整的生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)示意圖
在改善河流水文情勢方面，不僅需要恢復水量，也需要恢復自然水文過程。由于人類社會對于水資源的開發(fā)利用，試圖恢復到大規(guī)模開發(fā)以前的水文情勢是不現(xiàn)實的，只能實現(xiàn)部分恢復。通過制定環(huán)境水流標準，優(yōu)化配置水資源，合理安排生產(chǎn)、生活和生態(tài)用水，以滿足生態(tài)用水需求。另外，通過模擬自然水文過程，改善大壩電站的調(diào)度方式，以適應魚類和其它水生生物的繁殖生長需求。
在修復河湖地貌形態(tài)空間異質(zhì)性方面，恢復河流蜿蜒性，重建深潭-淺灘序列；恢復河流橫斷面的地貌單元多樣性，包括恢復河槽斷面幾何非對稱形狀，河濱帶和河漫灘的植被恢復和重建；行洪通道的清理及河漫灘各類地貌單元包括洼地、沼澤、濕地、故道和牛軛湖的恢復。
河流的橫斷面形態(tài)示意圖
圍墾河漫灘+堤防縮窄河道示意圖
在修復河湖水系三維連通性方面，通過工程措施和調(diào)度措施，促進上下游連續(xù)性；地表水與地下水連通性；河道與河漫灘連通性；河湖連通性和水網(wǎng)連通性；增加水體動力性。
四川瀘州酒谷湖水系連通工程
在適宜生物生存的水體物理化學特性范圍方面，是通過源頭治理、污染控制、水庫調(diào)度、曝氣、河岸遮陰等措施，使水溫、溶解氧、營養(yǎng)物和其他水質(zhì)指標滿足本土種生物需求。
長橋溪水生態(tài)修復公園中的跌水曝氣設計
恢復生物群落多樣性和物種多樣性，是恢復瀕危、特有生物物種以及保護和恢復重要生物資源。此外，還應加強土著物種的保護，防止生物入侵。同時，還應創(chuàng)造條件，完善“二鏈并一網(wǎng)”的河湖食物網(wǎng)結(jié)構(gòu)。
